Resumen

Introducción La pandemia de COVID-19 redefinió las estrategias de preparación y respuesta a crisis sanitarias, catalizando avances científicos y estrategias de salud pública. En este nuevo paradigma, los análisis genómicos han emergido como protagonistas en la detección y el manejo de brotes y enfermedades infecciosas; han proporcionado el desarrollo de pruebas diagnósticas, la creación de vacunas y la guía de respuesta sanitarias. La aparición de SARS-CoV-2, sustituye la importancia de los datos de la secuenciación genómica en la comprensión de su comportamiento y evolución. En este contexto, la implementación de la vigilancia genómica de SARS-CoV-2 en Chile ha sido una iniciativa determinante y fundamental en el seguimiento y la variación genética del virus.

Objetivos El objetivo esta revisión es identificar los desafíos y las lecciones aprendidas en la implementación de la vigilancia genómica de SARS-CoV-2 en la pandemia de COVID-19 en Chile.

Método Diseño de estudio de caso retrospectivo utilizando documentos, actas e informes relacionados con la vigilancia genómica de SARS-CoV-2 entre los años 2020 y 2023. Recopilación de datos, mediante registros en Excel con información cuantitativa y cualitativa. Entrevistas semiestructuradas con los profesionales claves involucrados en la implementación de la vigilancia, para obtener información de los desafíos y éxitos encontrados durante el proceso.

Resultados principales La implementación de la vigilancia genómica de SARS-CoV-2 en Chile es resultado del esfuerzo sostenido del Instituto de Salud Pública, que lideró la secuenciación de COVID-19. Esta iniciativa formó parte de la estrategia de reapertura de fronteras en noviembre de 2020. Epidemiología del MINSAL desarrolló un muestreo aleatorio en viajeros internacionales como un método proactivo para detectar oportunamente la entrada de variantes de preocupación e interés (VOC y VOI en su acrónimo en inglés). El país logró identificar de manera temprana el primer caso importado de la variante Alfa en diciembre de 2020 y posteriormente detectar Beta, Gamma, Delta y Ómicron. Esta iniciativa no se limitó a los puntos de entrada del país, la red de hospitales centinelas de virus respiratorios también fueron fundamental, ampliándose la vigilancia a muestras específicas dirigidas a nivel comunitario. La colaboración con diversos laboratorios universitarios expandió la capacidad de análisis y estableció un trabajo colaborativo. La gestión de datos fue esencial; se depositaron en GISAID, impulsando la colaboración internacional.

Conclusiones La vigilancia genómica de SARS-CoV-2 fue un desafío multidimensional que resultó en avances significativos para abordar la pandemia. Estas lecciones no solo brindan oportunidades para expandir la vigilancia a otras enfermedades transmisibles, sino que también nos preparan mejor para futuras amenazas pandémicas.